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摩托车修理店铺营业执照的注销流程一般包括以下步骤：

一、税务注销前往国税部门，按要求填写相关表格，缴销发票并补缴应纳税款。完成后，国税部门会收回税务登记证，并出具国税注销税务登记通知书。

持国税注销税务登记通知书到地税部门，进行地税税务登记的注销。同样需要填写相关表格并补缴应纳税款。地税部门会收回地税税务登记证，并出具地税注销税务登记通知书。

二、银行账户注销

持国税和地税的注销税务登记通知书，前往开户银行注销银行账户。

三、工商注销成立清算组并备案：店铺决定注销后，需成立清算组，对公司资产、债务等进行清算，并在报纸上公告。清算组需在规定时间内到工商部门进行清算备案。

提交注销申请：携带营业执照正副本、清算报告、税务注销证明等相关资料，到工商行政管理部门办理注销登记。工商部门会对提交的资料进行审核，如无问题，会核发注销通知书。

公告与提交材料：在工商注销前，需要在媒体上公示注销公告（部分地区可能要求公示三次），并将报样提交给工商局。此外，如果是委托代理人进行注销申请，还需要提交由申请人签署的《委托书》以及代理人的身份证复印件或资格证明复印件。

四、印章注销

注销营业执照后，还需到公安机关等相关部门注销企业印章。